Megjithëse përmes raportit të përparimit Komisioni Evropian (KE) rekomandoi sërish hapjen e negociatave për anëtarësim në Bashkimin Evropian (BE), Qeveria – përveç të tjerave – mori kritika të ashpra në çështjet mjedisore. Në raportin e KE-së, Qeveria u kritikua për qasjen e saj ndaj hidrocentraleve, inceneratorëve, resorteve në zonat e mbrojtura, vetë legjislacionin për zonat e mbrojtura, agjencitë mjedisore aspak efektive dhe sidomos për mungesën e një strategjie kombëtare për ndryshimet klimaterike.
Në raportin e saj KE ngre shqetësim për lejet e dhëna nga Qeveria për disa hidrocentrale dhe resorte turistike që do të ndërtohen në zonat e mbrojtura. Ajo shqetësohet për cilësitë e vlerësimeve në mjedis të këtyre projekteve si dhe për mungesën e konsultimit për to me publikun. KE kërkon më shumë pjesëmarrje të publikut në vendim-marrjet që kanë të bëjnë me zhvillimin e burimeve natyrore. Gjithashtu shqetësuese mbetet mungesa e kuadrit ligjor që rregullon dhe ngarkon me përgjegjësi në rastet e dëmtimeve dhe krimeve mjedisore, teksa zëvendësimi i stafit të inspektoriateve mjedisore, sipas KE-së ka dobësuar funksionet e tyre.
Mbrojtja e natyrës:
KE e cilëson pozitive harmonizimin e legjislacionit për mbrojtjen e habitateve natyrore sipas BE-së, sidoqoftë plani strategjik i investimeve ngre shqetësime për sa i përket rrezikut që i kanos biodiversitetit, pasi ai lejon ndërtimin e komplekseve të mëdha turistike dhe industrial në zonat e mbrojtura, sidomos në Parkun kombëtar të Divjakë-Karavastasë, në peisazhin e mbrojtur Vjosë-Nartë. KE thotë se ky plan bie në kundërshtim me ligjet e vetë Shqipërisë, por edhe ligjet ndërkombëtare të cilat Shqipëria ka ratifikuar. Gjithashtu në raport theksohet se kapacitetet dhe instrumentet financiare të agjencive që menaxhojnë parqet kombëtare mbeten të kufizuara dhe që ligji i ri ua mohon atyre autonominë financiare.
Cilësia e ajrit:
KE vëren se Shqipëria nuk ka ende një strategji kombëtare për cilësinë e ajrit. Ligji duhet përforëcuar dhe rrjeti aktual i monitorimit të ajrit duhet t’i përafrohet standardeve të BE-së. Po kështu agjencia e mjedisit ngarkohet të kryejë matje dhe monitorim të rregullt të industrisë dhe aktiviteteve që emetojnë sasi të larta të ndotësve të ajrit.
Menaxhimi i mbetjeve:
KE kërkon në raportin e saj përpjekje më të mëdha për të mbyllur mbi 199 vend-grumbullimet e mbetjeve që nuk janë në përputhje me standardet e BE-së. Në raport theksohet se në Shqipëri grumbullohet vetëm 65% e mbetjeve dhe se nuk ka riciklim të mbetjeve që vijnë nga sektori i ndërtimit. Gjithashtu KE ngre shqetësim për ndërtimin e inceneratorit në Elbasan dhe nisjen e procedurave për të ndërtuar edhe dy të tjerë në Tiranë dhe Fier. Sipas direktivave të BE-së në hierarkinë e menaxhimit të mbetjeve, incenerimi është një nga opsionet e fundit, teksa primari mbetet riciklimi.
Cilësia e ujërave:
Impiantet ekzistuese të trajtimit të ujërave të zeza mbeten me problem në funksion dhe mirëmbajtje. KE kërkon në mënyrë të domosdoshme zgjerimin e rrjetit të përpunimit të ujërave të zeza dhe ndërtimin e impianteve të reja të trajtimit të tyre, sidomos në zonat urbane, bregdetare dhe zonat turistike. Nga ana tjetër për menaxhimin e baseneve lumore, KE kërkon rritjen e kapaciteteve të Agjencisë së Basenit Ujor, rritjen e pikave të monitorimit të cilësisë së ujit dhe po kështu, forcimin në mënyrë urgjente të vetë Agjencisë Kombëtare të Mjedisit.
Ndryshimet klimaterike:
Megjithëse po përmbytet pothuajse çdo vit dhe po shënon çrregullime të theksuara të klimës, të manifestuara këto me temperature të pazakonta për stinët, Shqipëria ende nuk ka një strukturë administrative që i kushtohet tërësisht çështjeve që kanë të bëjnë me këta problematika. KE e ngre këtë si shqetësim dhe vëren në raportin e saj se ende nuk është arritur standardi i emetimeve të karbonit për automjetet, shtëpitë dhe aktivitetet e ndryshme në mjedis. Bashkimi Evropian i kërkon Qeverisë forcimin e kapaciteteve administrative, alokimin e fondeve dhe burimeve të nevojshme që mund të rrisin vetdijësimin e qytetarëve për rrezikun që vjen nga ndotja dhe dëmtimi i mjedisit.
Raporti i KE-së i ka lënë qeverisë si detyra:
Harmonizimin e legjislacionit sipas direktivave kryesore (të BE-së) dhe përshpejtimin e zhvillimit të kapaciteteve për agjencitë kombëtare që merren me menaxhimin e burimeve ujore, menaxhimin e furnizimit me ujë, menaxhimin e infrastrukturës së kanalizimeve dhe mbetjeve.
Marrjen e masave të menjëhershme për shqyrtimin dhe përmirësimin e vlerësimeve të ndikimit në mjedis të projekteve ekzistuese dhe ato të planifikuara, veçanërisht për hidrocentralet, ndërtimet, turizmin, dhe sektorin minerar.
Nisjen e zbatimit të Marrëveshjes së Parisit duke hartuar një strategji kombëtare dhe një legjislacion të veçantë për ndryshimet klimaterike, si dhe nisjen e zhvillimit të planeve të integruara kombëtare mbi energjinë dhe klimën, kjo në përputhje me detyrimet që vijnë nga Komuniteti i Energjisë.